合祀（ごうし）と合葬（がっそう）は似ている意味にと思いますがそれぞれ意味が違うんでしょうか。

合祀とは、併せて祀る（まつる）という意味、合葬は合わせて埋葬する意味です。
どちらも同じく骨壺から焼骨を取り出し、他の霊のお骨とご一緒に埋葬する方法です。
ご遺骨は、いろいろな人の遺骨とひとまとめに混ざった状態になり長い年月をかけて土に還る形で地面に埋葬されます。寺院、民間と方法は異なりますが、一旦納骨堂にお骨を置き数年経過後に永代供養墓に埋葬する。地域によっては、骨壺のまま永久に管理する方法もあります。
いずれにせよご自分が納得する方法が何よりです。