望まぬ妊娠をし、このまま産むわけにいきませんので人工中絶しましたが、この場合でも水子供養を行うべきでしょうか。

お気の毒と存じますが、あなたには何も罪はありません。
体内の胎児は無関係の赤ちゃんになり、中絶をしたことは法律に基づいてした行為で問題はありませんが、それでも何か釈然としないようでしたら水子供養をお勧めします。